Modelo de arquivo PBS para submeter um job no cluster do DAFIS

#!/bin/bash

#PBS -N 1tsk
#PBS -l nodes=1:ppn=12

# cria o diretório no nó
mkdir -p /dump/$(whoami)/dinamica/

# entra na pasta onde estão os arquivos necessários
cd /home/$(whoami)/tutorial/etapa/

# copia os arquivos para a pasta criada no nó
cp arquivo.tpr /dump/$(whoami)/dinamica/

# entra na pasta criada no nó
cd /dump/$(whoami)/dinamica/

# informa o shell onde estão os arquivos do gromacs
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.bash

# produção
mdrun -ntomp 12 -s arquivo.tpr -deffnm dinamica -nb gpu

# copia tudo de volta para a correspondente pasta no ambiente server
cp *.* /home/$(whoami)/tutorial/etapa/

# remove todos os arquivos criados no ambiente atual
rm *.*